世界大学ランキングには様々なものがあり、どれが信頼度が高いのか判断するのは難しいが、論文の引用数（Ｔｏｐ１０％）を根拠とするライデン大学のランキングが非常に公正なものではないかと思います。それによれば東大、京大などの日本のトップ大学のランキングは下記のようになります。
東大 82位 Universitｙ Utah（72位） Ｉｏｗａ（75位） Ｖｉｒｇｉｎｉａ（８４位）
京大 130位 Ｐｅｎｎ Ｓｔａｔｅ（122位） Ｎｏｔｔｉｎｇｈａｍ（イギリス：129位） Ｎｅｗｃａｓｔｌｅ（イギリス：134位）
阪大 146位 Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｒｉｚｏｎａ（145位）
東北 232位
名大 233位
九大 246位
慶応 289位 Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｖｅｒｍｏｎｔ（280位 Ｇｅｏｒｇｅｔｏｗｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（295位）
北大 318位
この分野ではアメリカが他の国を圧倒しています。イギリスのＵＣＬ（3位） Oxford,（10位） Cambrige（23位） Ｋｉｎｇ’ｓ Ｃｏｌｌｅｇｅ（25位） Ｉｍｐｅｒｉａｌ（２９位） Ｍａｎｃｈｅｓｔｅｒ（５３位）も上位に食い込んでいます。
Harvard
Johns Hopkins
Stanford
Univ Penn
Univ Michigan
Univ Washington
Yale
Columbia Univ
Univ Texas
Univ California - Los Ange
Univ California - San Diego
Duke
Washington Univ St
Univ N Carolina - Chapel Hill
Cornell Univ
Northwestern Univ
NYU
Vanderbilt Univ
Emory Univ