Nature Indexは発表した論文全てがデータとして採用されるのですがTimes Higher EducationのCitationsは「引用された数」が評価基準として採用されているので、Nature Indexでは論文数が多くても引用されなければ、その分ランキングは低くなってしまいます。
例えばPhysical Scienceで東大は論文数は世界第3位ですが、Times Higher EducationではCitationsの評価が何と６７．３しかなく、その結果ランキングが36位になってしまっています。